DB51/T 1667-2013 杂交水稻品种纯度SSR分子检测方法

ICS

DB51

四川省地方标准

DB51/XXXXX—2013

杂交水稻品种纯度SSR分子检测方法

（报批稿）

2013-XX-XX发布2013-XX-XX实施

四川省质量技术监督局发布

DB51/XXXXX—2013

目次

前言................................................................................II

1范围..............................................................................1

2规范性引用文件....................................................................1

3术语和定义........................................................................1

4原理..............................................................................2

5主要的仪器设备....................................................................2

6试验方法..........................................................................2

7引物筛选..........................................................................2

8检测步骤..........................................................................2

9纯度结果计算......................................................................3

附录A（规范性附录）主要试剂配制....................................................4

附录B（规范性附录）常用SSR引物....................................................5

I

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前言

本标准附录A为规范性附录，附录B为资料性附录。

本标准由四川省农业厅提出并归口。

本标准由四川省质量技术监督局批准。

本标准负责起草单位：四川省种子站。

本标准主要起草人：毛双林、周会、吕季娟、谭功燮、高宏、韩本达、秦洁。

II

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杂交水稻品种纯度SSR分子检测方法

1范围

本标准规定了杂交水稻品种纯度的SSR分子检测方法。

本标准适用于水稻杂交种的纯度鉴定。

2规范性引用文件

下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅所注日期的版本适用于本文

件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

GB／T3543.4农作物种子检验规程发芽试验

NY/T1433水稻品种鉴定DNA指纹方法

3术语和定义

下列术语和定义适用于本标准。

3.1

品种纯度varietalpurity

品种个体与个体之间在DNA分子标记带型方面典型一致的程度，用本品种的种子数占供检验本作物

种子数的百分率表示。

3.2

简单重复序列SSRsimplesequencerepeats

由1～6个核苷酸为重复单位组成的简单串联重复序列。

3.3

聚合酶链式反应PCRpolymerasechainreaction

在DNA聚合酶催化下，以母链DNA为模板，以特定引物为延伸起点，通过变性、退火、延伸等步骤，

体外复制出与母链模板DNA互补的子链DNA的过程。是一项DNA体外合成放大技术，能快速特异地在体外

扩增目的DNA。

3.4

引物primer

具有游离的3’-OH末端及特定序列的寡核苷酸短片段，与DNA模板结合，在DNA聚合酶作用下启动PCR

反应，延伸合成模板DNA的互补链。

1

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3.5

核心引物coreprimer

多态性、稳定性、重复性等综合特性好，适用于杂交水稻品种纯度鉴定优先选用的引物。

4原理

简单重复序列（SSR）分布于水稻整个基因组，品种间因其重复次数不同而存在多态性，每个品种

均具备特异的分子标记图谱。据此，根据每个简单重复序列两端的高度保守序列设计特异引物，利用PCR

技术进行扩增，从而检测特定SSR位点的多态性，以鉴别水稻品种的纯度。

5主要的仪器设备

PCR扩增仪；电泳仪；电泳槽；胶片观测台；96孔深孔板；96孔PCR板；电磁炉。

6试验方法

参照NY/T1433。

7引物筛选

选择杂交种含有双亲互补带型，而且带型清晰、重复性好的引物作为PCR扩增引物。

筛选引物时，取待测杂交种种子10粒及双亲种子各5粒发芽，快速提取DNA,利用核心引物进行扩

增，从中确定该品种纯度检测最适宜的1～3对引物。

杂株为待测杂交种的双亲时，1对引物即可满足检测要求；杂株为其他类型时，将引物对数增加至3

对以上。

适用于杂交水稻品种纯度鉴定的常用SSR引物名称、染色体位置及序列参见附录B。选择时，优先从

表B.1的核心引物中