T/JAASS 81-2023 猪SINE逆转座子插入多态（RIP）分子标记遗传多样性检测技术规程

ICS65.020.99

CCSB41

JAASS

团体标准

T/JAASS81—2023

猪SINE逆转座子插入多态（RIP）分子标记

遗传多样性检测技术规程

ProtocolofdetectionforgeneticdiversityofswineSINEretrotransposoninsertion

polymorphism(RIP)

2023-05-23发布2023-06-23实施

江苏省农学会  发布

T/JAASS81—2023

目次

前言..................................................................................II

1范围................................................................................1

2规范性引用文件......................................................................1

3术语和定义..........................................................................1

4原理................................................................................1

5设施与环境..........................................................................1

6试剂................................................................................1

7仪器设备............................................................................1

8实验步骤............................................................................2

9数据的统计与分析....................................................................3

10防污染措施.........................................................................3

11证实方法...........................................................................4

附录A（资料性）SINE座位标记名称、引物序列、最佳扩增条件及等位基因数.................5

I

T/JAASS81—2023

前言

本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定

起草。

请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。

本文件由扬州大学提出。

本文件由江苏省农学会归口。

本文件起草单位：扬州大学、江苏省畜牧总站。

本文件主要起草人：陈才、王宵燕、宋成义、高波、潘雨来、王勇、朱慈根。

II

T/JAASS81—2023

猪SINE逆转座子插入多态（RIP）分子标记遗传多样性检测技术规

程

1范围

本文件规定了猪SINE逆转座子插入多态（RIP）分子标记遗传多样性检测技术规程中的基本条件要

求、实验步骤和数据分析方法。

本文件适用于猪个体基因分型检测、群体遗传杂合度、等位基因频率、多态信息含量、品种间遗传

距离等分析。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，

仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本

文件。

GB/T27401—2008实验室质量控制规范动物检疫

GA/T383—2002法庭科学DNA实验室检验规范

NY/T1673—2008畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程

SN/T5199—2020家畜家禽成分DNA条形码检测技术规范

3术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

3.1

逆转座子retrotransposon

在基因组中能完成自我复制，以RNA作为中介，在逆转录酶作用下，整合到基因组其他位点中的功

能元件。

3.2

逆转座子插入多态retrotransposoninsertionpolymorphism

因转座作用，逆转座子插入到基因组不同区域，使插入位点呈2个等位基因的现象。

4原理

转座子插入多态分子标记由转座子序列和两侧的侧翼序列构成，内部转座子的存在或缺失形成转座

子插入多态性。若个体基因组中标记所在座位均为转座子插入型，则该个体此标记的基因型为纯合插入

型；若均为转座子缺失型，则为纯合缺失型；否则为杂合子。以两侧侧翼序列为模板设计引物对样品DNA

进行PCR扩增，然后通过电泳检测根据条带大小和数量判断个体基因型，进而进行遗传参数计算。

5设施与环境

应满足GB/T27401—2008中5.3的要求。

6试剂

应满足SN/T5199—2020中第5章的要求，其中5.2.2中10μmol/L上游引物和5.2.310μmol/L下游

引物应替换为附录A推荐的引物。

7仪器设备

1

T/JAASS81—2023

应满足SN/T5199—2020中第6章的要求。

8实验步骤

8.1样品收集和保存

采样个体应具备该品种的典型特征，每个品种采集的个体应不少于20头且应不低于总群体数量的

10％，其中雄性数量应不少于采样数量的10％，采样个体三代内尽可能无血缘关系、覆盖所有家系；宜

采集猪耳组织200mg以上，应保持样品干净，置于1.5mL冻存管中并在-20℃冰箱中保存，应记录材料

名称、来源、系谱、采集时间、地点及采集人。

8.2样品DNA制备

样品DNA制备按照SN/T5199—2020中7.2执行；或采用试剂盒法，按照试剂盒使用说明书执行。

8.3DNA浓度和纯度的测定

按照SN/T5199—2020中7.3DNA浓度和纯度的测定执行。

8.4引物

8.4.1引物设计原则

引物应根据SINE逆转座子插入位点两侧侧翼区DNA序列使用Primer3web(https://primer3.ut.ee)

工具设计，引物Tm值宜设定在60℃左右，引物长度宜设定在18bp～23bp，一条引物应位于SINE插入

位点上游，另一条应位于SINE插入位点下游，同时宜使扩增产物在无SINE插入时的长度为200bp～800bp。

8.4.2引物选择

猪遗传多样性检测标记可按附录A确定，宜选择20个以上猪SINE逆转座子插入多态分子标记进行检

测。

8.4.3引物的合成与配制

参照NY/T1673-2008中5.3.2中引物合成和配制进行合成和配制。

8.5PCR检测

PCR扩增应以待检测猪个体基因组DNA为模板，基因型应根据PCR扩增产物，采用琼脂糖凝胶电泳，

并按电泳结果判定。

8.5.1PCR反应体系

PCR反应体积应为20μL，应包括猪模板DNA40ng～60ng，上下游引物各10pmol，MasterMix(2

×)10μL，去离子水补足20μL体系。

8.5.2PCR反应程序

PCR反应使用程序见表1。

表1PCR反应使用程序

阶段温度时间

194℃5min

94℃30s

260℃20s

72℃30s

2

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