GB/T 46927-2025 时空组学 数据集格式规范

ICS07080

CCSA.40

中华人民共和国国家标准

GB/T46927—2025

时空组学数据集格式规范

Spatio-temporalomics—Specificationfordatasetformat

2025-12-31发布2026-07-01实施

国家市场监督管理总局发布

国家标准化管理委员会

GB/T46927—2025

目次

前言

…………………………Ⅲ

范围

1………………………1

规范性引用文件

2…………………………1

术语和定义

3………………1

缩略语

4……………………4

时空组学元数据要求

5……………………5

时空组学数据集文件要求

6………………5

通则

6.1…………………5

高通量测序数据

6.2……………………5

显微图像

6.3……………5

时空芯片基因表达矩阵数据

6.4………………………5

时空芯片基因表达热图数据

6.5………………………6

时空组学图像处理参数文件

6.6………………………6

已配准图像金字塔数据

6.7……………6

时空组学数据存储目录要求

7……………6

总则

7.1…………………6

目录结构说明

7.2………………………7

编码规则

7.3……………8

附录资料性时空组学元数据

A()………………………9

概述

A.1…………………9

字段必选性说明

A.2……………………9

时空组学数据集元数据表

A.3…………9

时空组学生物信息分析环境元数据表

A.4…………11

元数据提供方式

A.5…………………12

附录资料性时空芯片基因表达矩阵数据

B()…………13

概述

B.1…………………13

数据结构

B.2……………13

示例

B.3…………………15

约束与解析规则

B.4……………………15

附录资料性时空芯片基因表达热图数据

C()…………16

概述

C.1…………………16

时空芯片基因表达热图数据的文件结构

C.2…………16

附录资料性时空组学图像处理参数文件

D()…………24

Ⅰ

GB/T46927—2025

概述

D.1…………………24

时空组学图像处理参数文件的数据结构

D.2…………24

附录资料性已配准图像金字塔数据

E()………………26

概述

E.1…………………26

已配准图像金字塔数据文件结构详解

E.2……………26

参考文献

……………………31

Ⅱ

GB/T46927—2025

前言

本文件按照标准化工作导则第部分标准化文件的结构和起草规则的规定

GB/T1.1—2020《1:》

起草

。

请注意本文件的某些内容可能涉及专利本文件的发布机构不承担识别专利的责任

。。

本文件由全国生化检测标准化技术委员会提出并归口

(SAC/TC387)。

本文件起草单位深圳华大生命科学研究院中国测试技术研究院武汉华大生命科学研究院之江

:、、、

实验室西南华大生命科学研究院深圳赛陆医疗科技有限公司深圳大学菁良科技深圳有限公司

、、、、()、

鹏城实验室北京诺禾致源科技股份有限公司苏州百源基因技术有限公司利德健康科技广州有限

、、、()

公司

。

本文件主要起草人陈毓新周李华张楠王乐颖张勇李胜康冯琳清杜玥谢敏徐讯黎宇翔

:、、、、、、、、、、、

徐枣旭吴边朱泽轩林木飞李菁华宝力格王荣杰车团结张峰车妍

、、、、、、、、、。

Ⅲ

GB/T46927—2025

时空组学数据集格式规范

1范围

本文件规定了时空组学数据集的存储及格式要求包括时空组学的元数据数据集文件及数据存储

,、

目录

。

本文件适用于时空组学数据的存储与共享

。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款其中注日期的引用文

。,

件仅该日期对应的版本适用于本文件不注日期的引用文件其最新版本包括所有的修改单适用于

,;,()

本文件

。

生物信息学术语

GB/T29859—2013

高通量测序数据序列格式规范

GB/T35890—2018

3术语和定义

界定的以及下列术语和定义适用于本文件

GB/T29859—2013。

31

.

时空组学spatio-temporalomics

在空间转录组学的基础上扩展至基因组学表观基因组学蛋白质组学等多组学层面利用空间分

,、、,

辨的多组学技术对组织或生命体进行单细胞或亚细胞分辨率的分子定位并结合时间序列采样或计算

,

推断实现对发育生理病理等生物过程的时空动态解析

,、、。

注空间转录组学是指在组织或器官的空间背景下利用高通量技术在单细胞或亚细胞分辨率上定位转录本表

:,

达从而在分子细胞组织器官等多尺度范围内实现空间观测

,、、、。

32

.

生物分子捕获单元biomoleculecaptureunit

能够捕获生物分子的最小空间单元

。

注在此单元区域内捕获的生物分子的空间位置无法进行区分

:。

33

.

时空芯片spatio-temporalchip

将生物分子捕获单元以一定模式排列用于捕获空间中核酸片段的专用芯片

,。

注芯片上所有的生物分子捕获单元都由区别芯片上所有捕获的核酸序列都由区别和核酸

:CID,MID,CID、MID

序列信息都通过高通量测序方式获得时空芯片的生物分子捕获单元的排列模式不限能是正方形排列也能

。,,

是正三角形排列其间距的典型取值为

,500nm~100μm。

34

.

序列条形码barcode

在高通量测序及细胞分析等生物领域中用于标记不同样本细胞或者核酸分子的短核酸序列

,、

标签

。

1