T/LTIA 15-2021 人类基因组的低深度全基因组重测序的基因型推断和遗传变异解读

范围:本文件规定了低深度全基因组重测序人类基因组数据的下机数据质控要求。 本文件适用于进行人类个体遗传变异解读时，对低深度重测序的下机数据质量、基因型推断技术的准确性和灵敏度以及遗传变异解读结果的规范性进行评价。 本文件不适用于临床诊断; 主要技术内容:在术语和定义中，T/LTIA14-2021界定的术语和定义适用于本标准。在人类基因组低深度全基因组重测序数据分析通用要求的环节中，标准首先提及了人类基因组低深度全基因组重测序数据分析流程应符合T/LTIA14-2021第5章中的要求。对于比对所需要用到的人类基因组参考序列，标准然后建议使用NCBI发布的最新版本hg38。标准在这一环节最后提出了人类基因组的低深度全基因组重测序的测序类型和数据质量要求，主要涵盖测序类型、读长、Q30比例、GC含量、重复率、比对率以及覆盖度等描述或参数。在人类基因组的基因型推断技术标准的环节中，标准首先建议使用千人计划项目（1000 Genomes Project）的最新版数据作为标准参考基因组。标准然后提出在测序样本来自单一人种或民族时，应针对研究样本所属人种或民族搭建专门的满足特殊需求的群体参考基因组，从而提高基因型推断结果的准确性和灵敏度。标准在这一环节的最后针对基于NA12878标准品的基因型推断结果的准确性和灵敏度评估提出了简单的要求和建议。在1X和4X测序深度下，结合不同基因型推断软件（Beagle、IMPUTE、Minimac）和群体参考基因组(千人计划项目phase3)，对基于NA12878标准品进行基因型推断，最终展示产出的推断结果的准确性和灵敏度的最低数值。在变异分析和变异注释解读中，标准提出了结果文件应包含的变异类型、应遵循的文件格式以及变异过滤建议，即整体应符合T/LTIA14-2021第8章中的具体要求。针对变异解读，标准主要明确了变异命名和转录本使用规范，并提出注释解读需要涵盖基本的基因功能相关的公共核酸数据库，即整体应符合T/LTIA14-2021第9章中的具体要求