T/LTIA 26-2024 基于SeqFD技术的物种鉴定技术规范

范围:本文件规定了基于SeqFD测序技术物种鉴定的原理、试剂或材料、仪器设备、实验步骤、结果分析。 本文件适用于与农业相关的植物和动物样本，如水稻、木薯、甘蔗、马铃薯、猪和牛等物种鉴定; 主要技术内容:设计含有简并碱基的引物，构建样本基因组测序文库，利用多重聚合酶链式反应（PCR）进行文库扩增和高通量测序，分析测序数据，获得比对结果和鉴定结论。通过使用含有简并碱基的引物，构建样本基因组测序文库，进行高通量测序。引物的核心部分由4个稳定不变的碱基构成。另外，为了增加引物的灵活性和适应性，设计中还包括了3个可变化的碱基（NWN\NYN的组合），形成了所谓的弹性序列。这种设计使得引物能够适应并结合到基因组中的多种不同序列，从而增加了测序的广度和深度。这些碱基构成的引物能够结合基因组的内含子、编码序列、启动子上游2000?pb以及非基因区域的DNA序列。通过使用seqtk工具随机筛选测序数据和格式转换。然后使用BLAST工具将转换后的数据与NCBI的NT数据库中的序列进行快速比对，找出潜在的匹配区域，然后计算这些区域的相似性得分，返回评分最高的匹配序列。统计匹配序列归属的物种，并通过本文件的计算公式和规则，获得样本鉴定结论